Die Darmflora oder auch das Mikrobiom ist die Gesamtheit aller im Darm lebenden Mikroorganismen: Rund 99 Prozent davon sind Bakterien, aber auch Hefepilze und Viren zählen zur normalen Darmflora. Dabei finden sich nicht nur im Darm verschiedene Mikroorganismen: Der gesamte Verdauungstrakt ist mit ihnen besiedelt. Im Magen ist die Dichte im Normalfall geringer, da die Magensäure vieles abtötet. Im Dickdarm ist sie am höchsten: Neben verschiedenen Lactobazillen finden sich auch Bifidobakterien, Enterokokken, Escherichia coli und andere Bakterien.

Durch verschiedene Auslöser kann die Darmflora aus dem Gleichgewicht geraten: Anzeichen dafür können beispielsweise Bauchschmerzen mit Völlegefühl und Blähungen, sowie Durchfall oder Verstopfung sein. Außerdem kann es auch zu Hautproblemen oder einem gestörten Immunsystem mit häufigen, wiederkehrenden Erkältungen oder Pilzinfektionen kommen. Um die Darmflora zu stabilisieren, gibt es verschiedene Produkte. Grundsätzlich kann es vor der Einnahme sinnvoll sein, die mikrobielle Zusammensetzung im Darm mithilfe einer Darmanalyse in einer Apotheke bestimmen zu lassen, um gezielt die benötigten Mikroorganismen zu ergänzen.

Probiotika sind definiert als lebende Mikroorganismen, die nach exogener Zufuhr aktiv und in ausreichender Menge ihren Wirkort erreichen und dadurch positive gesundheitliche Wirkungen erzielen. Sie enthalten also die nötigen Mikroorganismen, die zum Aufbau der Flora notwendig sind: Häufig sind in solchen Präparaten Bifidobakterien und Lactobazillen enthalten, aber auch die Hefe Saccharomyces boulardii hat probiotische Eigenschaften. Auf dem Markt sind Produkte mit unterschiedlichen Bakterien-Zusammensetzungen.

Präbiotika hingegen sind die Nahrung für Mikroorganismen: Es handelt sich um bestimmte Stoffe, die Bakterien in ihrem Wachstum fördern und so deren Ausbreitung und Aktivität begünstigen. Es handelt sich dabei um Nahrungsbestandteile, die unverdaut in den Dickdarm gelangen. Häufig handelt es sich um Fructooligosaccharide, Galaktooligosaccharide oder Inulin. Im Gegensatz zu den Probiotika handelt es sich bei den Präbiotika also nicht um lebende Organismen.

Synbiotika enthalten ein Probiotikum und ein Präbiotikum: Die Bakterien werden also direkt mit den wachstumsfördernden Substanzen kombiniert. Dadurch soll es zu einem verbesserten Überleben der Bakterien und einer höheren Ansiedlungsrate im Darm kommen. Damit überhaupt ein positiver Effekt mit den Bakterien erzielt werden kann, müssen sie in ausreichend großer Menge den Dickdarm erreichen. Daher werden Bakterienkulturen verwendet, die ausreichend magensäureresistent sind. Manchmal kommen auch magensaftresistente Formulierungen zum Einsatz. Außerdem müssen Probiotika die Fähigkeit besitzen, sich an die Darmwand anzuheften, um den Darm besiedeln zu können.

Einsatz und Wirkung von Probiotika sind immer noch umstritten: Der genaue Wirkmechanismus von verschiedenen probiotischen Stämmen wird derzeit noch erforscht. Bei einigen Erkrankungen wie infektiösem Durchfall, Reizdarm oder begleitend und vorbeugend zu einer Antibiotika-Einnahme ist die Wirkung mittlerweile anerkannt. Bei vielen Krankheitsbildern wurden zwar positive Effekte beobachtet, jedoch bisher keine ausreichenden Studien durchgeführt: Dies gilt beispielsweise für Hauterkrankungen, wie Neurodermitis und Psoriasis, Atemwegserkrankungen oder Harnwegsinfekte.