Grundsätzlich richtet sich die Preisberechnung nach § 5 der Arzneimittelpreisverordnung (AMPreisV). Der Preis einer Rezeptur wird in der Regel wie folgt berechnet:
(Mengenanteiliger Einkaufspreis Substanz 1 + 90 Prozent Zuschlag) + (Mengenanteiliger Einkaufspreis Substanz 2 + 90 Prozent Zuschlag) + (…) + (Preis des Abgabegefäßes + 90 Prozent Zuschlag) + Rezepturzuschlag + 19 Prozent Mehrwertsteuer

Wird nur ab- oder umgefüllt, setzt sich der Abgabepreis wie folgt zusammen:
(Mengenanteiliger Einkaufspreis + 100 Prozent Zuschlag) + (Preis des Abgabegefäßes + 100 Prozent Zuschlag) + 19 Prozent Mehrwertsteuer

Für die Bedruckung der Rezepte gilt: Alle Preise müssen auf der Vorderseite der Verordnung gut lesbar angegeben sein. Ist dies aus Platzgründen nicht möglich, kann der Druck auch auf der Rückseite aufgebracht werden. In diesem Fall empfiehlt es sich, einen Vermerk auf der Vorderseite anzubringen.

Herrscht bei der Auswahl der richtigen Größe des Abgabegefäßes Unsicherheit, muss sich wie folgt verhalten werden: Es ist immer das Volumen und nicht das Gewicht heranzuziehen. Der Preis der Abgabegefäße ist in der Hilfstaxe für Apotheken festgehalten, gleiches gilt für die Rezepturzuschläge, die je nach hergestellter Darreichungsform unterschiedlich sind. Ein Sonderfall bei der Taxation sind Rezepturen, die für den Sprechstundenbedarf verordnet werden: In diesen Fällen dürfen Apotheken keinen Gefäßpreis in Rechnung stellen. Eine Ausnahme gilt nur, wenn ein entsprechender Regionalvertrag vorliegt.

Die Preise der einzelnen Substanzen sind ebenfalls in der Hilfstaxe zu finden. Außerdem darf von diesen nicht abgewichen werden, da die dort angegebenen Festpreise für die Apotheke verbindlich sind. Ist ein Stoff nicht in der Hilfstaxe aufgeführt, darf der tatsächliche Apothekeneinkaufspreis zugrunde gelegt werden. Bei Verwendung eines Einwaagekorrekturfaktors – zum Beispiel bei Substanzen wie Erythromycin oder Triamcinolonacetonid – kann die Apotheke die zusätzlich benötigte Wirkstoffmenge in Rechnung stellen: Auf der Vorderseite des Rezeptes ist dieser Wert durch den Buchstaben „f“ zu kennzeichnen.

Enthält eine Rezeptur Wasser, kann der Rezeptur- und Qualitätszuschlag für Wasser nur einmal pro Rezeptur in Rechnung gestellt werden. Ist die herzustellende Menge größer als die Grundmenge für den Rezepturzuschlag, kann dieser zu 50 Prozent zusätzlich für jede angefangene Grundmenge geltend gemacht werden. Rundungsfehler können vermieden werden, wenn bei Beträgen kleiner 0,5 Cent ab- und größer 0,5 Cent aufgerundet wird.

Wichtig ist jedoch nicht nur die richtige Taxation, denn die Rezeptur muss vor der Herstellung ebenso auf Plausibilität und – ganz wichtig – auf Erstattungsfähigkeit geprüft werden. Das bedeutet: Ist eine unbedenkliche Rezeptur ohne verschreibungspflichtige Bestandteile für Personen über 18 Jahren verordnet, werden die Kosten oft nicht von den Krankenkassen übernommen. Natürlich gibt es auch hier Ausnahmefälle: Ein Blick in die OTC-Ausnahmeliste kann Aufschluss darüber geben, ob eine Abrechnung möglich ist. Denn bei einigen schwerwiegenden Erkrankungen gelten die Non-Rx-Wirkstoffe als Therapiestandard und werden erstattet. In die OTC-Ausnahmeliste aufgenommen sind zum Beispiel Zubereitungen mit Salicylsäure ab einer Konzentration von zwei Prozent, Zubereitungen zum Auftragen auf die Haut mit Harnstoff in einer Konzentration von mindestens 5 Prozent, künstlicher Speichel, Nystatin, Jodverbindungen und Antihistaminika. Eine Prüfpflicht liegt für die Ersatzkassen und einige Primärkassen vor