In der Apotheke müssen zahlreiche Unterlagen aufgehoben werden: Herstellungsprotokolle, BtM-Rezepte oder Jahresabschlüsse sind nur einige Beispiele. Die meisten Dokumente dürfen erst nach fünf oder zehn Jahren vernichtet werden. Für andere gilt sogar eine Aufbewahrungsfrist von 30 oder 40 Jahren. Auch wenn die Apotheke verkauft oder geschlossen wurde, müssen die Unterlagen aufgehoben werden.

Dokumente zu Betäubungsmitteln müssen drei Jahre aufbewahrt werden. Dazu zählen: Teil 1 des BtM-Rezeptes, die monatlich abgezeichnete BtM-Kartei, die alle Ein- und Ausgänge festhält, der Lieferschein, Vernichtungserklärungen und die Patientenkartei bei der Subsitutionsmitteleinnahme.

Ein Großteil der Aufzeichnungen muss fünf Jahre aufgehoben werden. Für Dokumente aus Rezeptur, Defektur und Labor wie Herstellungs- und Prüfprotokolle sowie die Prüfprotokolle der Fertigarzneimittel und apothekenpflichtigen Medizinprodukte gilt: eine vollständige Aufbewahrung mindestens ein Jahr nach Ablauf des Verfallsdatums, jedoch nicht weniger als fünf Jahre. Das Giftbuch muss fünf Jahre nach dem letzten Eintrag verwahrt werden. Das Gefahrstoffverzeichnis ist stets zu aktualisieren, die Mitarbeiter sind einmal im Jahr einer Gefahrstoffunterweisung zu unterziehen.

Auch Rückrufe, Chargenüberprüfungen und Meldungen an die Arzneimittelkommission der Deutschen Apotheker (AMK) sowie die Dokumentation von Erwerb und Abgabe verschreibungspflichtiger Tierarzneimittel, T-Rezepte sowie Einfuhr und Abgabe von Einzelimporten müssen fünf Jahre aufbewahrt werden.

Buchhalterische Unterlagen wie Jahresabschlüsse, Eröffnungsbilanzen, Inventarlisten, Buchungsbelage, Handelsbücher, Lohnkonten und die dazugehörigen Belege sind sechs Jahre vorrätig zu halten. EC-Belege müssen zehn Jahre aufbewahrt werden. Wichtig: Sie müssen dann auch noch lesbar sein. Die Schrift auf Thermopapier verblasst allerdings nach einer Weile, je nach Qualität zwischen wenigen Wochen oder einigen Jahren nach der Ausstellung. Es empfiehlt sich also, die Belege zu kopieren.

Ebenfalls zehn Jahre aufgehoben werden muss das Alkoholverwendungsbuch für steuerfreien Alkohol. 30 Jahre lang müssen laut Transfusionsgesetz Unterlagen zu Blutzubereitungen, Sera aus menschlichem Blut und Zubereitungen aus anderen Stoffen menschlicher Herkunft sowie von gentechnisch hergestellten Plasmaproteinen zur Behandlung von Haemostasestörungen gelagert werden. Wer die Dokumente darüber hinaus aufbewahrt, muss die Daten anonymisieren.

Das Verzeichnis der Beschäftigten, die mit krebserregenden, erbgut- oder fruchtschädigenden Gefahrstoffen arbeiten, muss bis 40 Jahre nach der letzten Exposition mit den CMR-Substanzen aufbewahrt werden. Dabei stellt sich das Problem des Nachlasses allerdings nicht: Denn nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses müssen die Daten dem jeweiligen Mitarbeiter ausgehändigt werden.