Die Befreiung von Körperschafts- und Gewerbesteuer gilt nur für Apotheken in gemeinnützigen Krankenhäusern. Bei diesen sei die Steuerbefreiung nicht auf die unmittelbare ärztliche und pflegerische Betätigung begrenzt, sondern erstrecke sich auf alle gegenüber den Patienten erbrachten Leistungen, so der BFH. Steuerfrei sind demnach alle Einkünfte aus Tätigkeiten, die den Sicherstellungsauftrag der Klinik betreffen und von den Krankenkassen bezahlt werden.

Ob die Krankenhausapotheke zu öffentlichen Apotheken in Wettbewerb trete, sei dabei ohne Belang, so die Richter. Die bestehenden beihilferechtlichen Bedenken hätten dem BFH nicht erlaubt, die gesetzlich vorgesehene Steuerbefreiung zu verweigern.

Dies könnte aus Sicht der Richter in Brüssel geklärt werden: „Der BFH hat jedoch klar zum Ausdruck gebracht, dass die EU-Kommission berufen wäre, die Steuerbefreiungen auf ihre Vereinbarkeit mit dem Unionsrecht zu prüfen und den Gesetzgeber gegebenenfalls zu einer Anpassung der deutschen Rechtslage aufzufordern“, teilte das Gericht mit.

Ob die Krankenhausapotheken auch von der Umsatzsteuerpflicht befreit sind, entscheidet ohnehin schon der Europäische Gerichtshof (EuGH): Der BFH hatte diese Frage schon im vergangenen Jahr in Luxemburg vorgelegt.