Wirtschaftsprüfer des Rechnungshofs hatten die Konten bei einer Kontrolle zum Jahresabschluss 2013 entdeckt und sie als Verstoß gegen das Haushaltsrecht kritisiert. Die Summen tauchen nicht in der offiziellen Buchführung der landeseigenen Klinik auf.

Konkret geht es um projektgebundene Zuschüsse: Immer wenn die Charité bei der Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) Drittmittel für Forschung und Lehre einwirbt, legt diese ein Fünftel des Betrags für Verwaltungskosten obendrauf. Dieses Geld ist zweckgebunden und darf beispielsweise nicht in die Krankenversorgung fließen.

Die Fakultätsleitung teilte mit, diese Zuschüsse seien seit 2010 angespart und „entsprechend den Verwendungsrichtlinien eingesetzt“ worden, unter anderem für Forschungsgeräte, Labore oder Stellen für wissenschaftlich tätige Ärzte. Ein Teil des Geldes sei auch an die Institute weitergegeben worden, die die Drittmittel eingeworben hätten.

Wissenschaftssenatorin Sandra Scheeres (SPD), die Vorsitzende des Charité-Aufsichtsrates ist, kritisierte die Klinik: „Ich will Transparenz haben, was mit den Mitteln passiert, wie sie vergeben werden und nach welchen Kriterien.“ Der Vorstand müsse Vorschläge erarbeiten, wie das Verfahren geändert werden könne.

Die Charité gilt als Deutschlands größtes Universitätsklinikum mit einem Jahresumsatz von rund 1,3 Milliarden Euro und einem Gewinn von 5,2 Millionen Euro im Jahr 2012. Die Klinik hat nach eigenen Angaben über 13.000 Mitarbeiter an vier Standorten in Berlin.

Während für die Krankenversorgung die Krankenkassen aufkommen, wird die medizinische Fakultät durch Landesgelder und Drittmittel finanziert. Im Jahr 2012 hatte die Charité insgesamt 154 Millionen Euro bei externen Geldgebern eingesammelt.