Im PJ sind die Medizinstudenten 48 Wochen ganztägig auf Station. Vier Monate absolvieren sie in der Chirurgie, vier Monate in der Inneren Medizin und vier Monate auf einer Wunschstation. Die ärztliche Approbationsordnung erlaubt dafür eine Aufwandsentschädigung bis zum BAföG-Höchstsatz von derzeit 597 Euro monatlich. Einen Mindestsatz gibt es nicht.

Laut einer Umfrage der Studentenvertretungen erhält ein Drittel der Studenten entweder keine Bezahlung oder höchstens 400 Euro monatlich. Für angemessen hielten etwa zwei Drittel der Befragten jedoch 500 bis 900 Euro monatlich. BMVD und Hartmannbund fordern, den BAföG-Höchstsatz bundesweit als Aufwandsentschädigung im PJ festzusetzen. Zum Vergleich: Pharmazeuten im Praktikum (PhiP) erhalten nach aktuellem Tarifvertrag monatlich 880 Euro.

30 Tage dürfen Medizinstudenten während ihres PJ fehlen. Dabei ist nicht geregelt, ob sich diese Fehlzeit auf Urlaubs- oder Krankheitstage bezieht. Das zwinge Studenten dazu, im Krankheitsfall auf Urlaub zu verzichten – oder aber krank zur Arbeit zu kommen, so die BVMD und der Hartmannbund. Das gefährde die Gesundheit der angehenden Ärzte und ihrer Patienten gleichermaßen. Krankheitsbedingte Ausfälle dürfen deshalb nicht als Fehltage angerechnet werden, fordern die Studentenvertretungen.

In der Approbationsordnung der Ärzte gibt es zudem keine klare Regelung, wie die Lehre ins PJ integriert werden soll. 60 Prozent der Befragten gaben an, zwei oder weniger Stunden Unterricht pro Woche zu haben. BVMD und Hartmannbund wollen, dass der Anteil auf mindestens vier Wochenstunden erhöht wird. Die Studenten fordern auch mehr Zeit zum eigenständigen Lernen: Mehr als die Hälfte kommt neben der Arbeitszeit gar nicht dazu, dabei wünschen sich 78 Prozent der Teilnehmer acht oder mehr Wochenstunden Zeit dafür. Die Studierendenvertretungen wollen daher die Selbstlernzeit auf acht Stunden pro Woche anheben.

Hartmannbund und BVMD haben im Herbst 2015 eine Umfrage zum PJ durchgeführt. An der Umfrage nahmen mehr als 7000 Studierende aller deutschen Fakultäten sowie bereits approbierte Ärzte teil. Die Ergebnisse wollen sie in den „Masterplan Medizinstudium 2020“ einbringen, der derzeit von Bund und Ländern erarbeitet wird. Der Hartmannbund vertritt aktuell mehr als 25.000 Medizinstudenten. Die BVMD ist der Zusammenschluss der studentischen Vertretungen an 38 Fakultäten und vertritt mehr als 85.000 Medizinstudenten.

Auch PhiP sind mit ihrer Ausbildung nicht immer zufrieden. Sie wünschen sich einheitlichere Ausbildungsstandards. Der Bundesverband der Pharmaziestudierenden Deutschlands (BPhD) bietet daher PhiP seit 2003 die Möglichkeit, ihre PJ-Apotheken zu bewerten. In einer Liste werden alle gut bewerteten Ausbildungsstätten veröffentlicht; daran können sich nachfolgende Studenten orientieren. Von der ABDA gibt es zudem einen Leitfaden zum PJ mit einem Musterausbildungsplan.