In den Regionen, die vom Hochwasser betroffen waren, könnte es nach Einschätzung der ECDC zu einem Anstieg verschiedener wasserbedingten Infektionen kommen. Denn durch die Wassermassen wurden zum Teil auch Abwassersysteme und Kläranlagen zerstört. Somit gelangen auch Fäkalien in das Wasser. Dadurch könne es direkt oder indirekt zu einer Übertragung von gastrointestinalen Erregern oder Wundinfektionen kommen. Vorallem in Kombination mit warmem Wetter kann dies zum Problem werden.

In einigen Städten darf daher noch immer kein Leitungswasser getrunken werden. Auch für die Zubereitung von Nahrungsmitteln, Babynahrung oder zum Waschen von Obst und Gemüse sollte das Wasser nicht verwendet werden. Gleiches gilt für die persönliche Hygiene: Zum Waschen und Zähneputzen soll laut ECDC ebenfalls kein Wasser verwendet werden, das mit dem Hochwasser in Berührung gekommen ist.

Im Wasser könnten sich Erreger wie E.coli, Norovirus, Rotavirus, Cryptosporidium, Giardia, Campylobacter, verschiedene Sal­mo­nella-enterica-Serotypen, Shi­gella und Hepatitis A-Viren befinden. Desweiteren wird vor Erkrankungen wie Leptospirose und Tetanus gewarnt.

Auch bei den Aufräumarbeiten sollte deshalb auf die eigene Sicherheit geachtet werden, denn Betroffene und Helfer kommen zwangsläufig mit Hochwasserresten oder kontaminiertem Schlamm in Kontakt. Es wird daher empfohlen auf festes Schuhwerk zu setzen, um Verletzungen zu vermeiden, die mit verunreinigtem Wasser in Kontakt kommen könnten. Auch das Tragen von Handschuhen und einer Maske ist sinnvoll: Zum einen, um sich nicht ständig ins Gesicht zu fassen, zum anderen auch im Sinne der Pandemie.

Diesbezüglich warnt die ECDC auch vor einer möglichen Ausbreitung von Krankheiten in Schutzunterkünften zur Unterbringung von Betroffenen. Dort könne es schnell zu Magen-Darm-Infektionen und Atemwegsinfektionen kommen – auch Covid-19 könne zu einem Problem werden. Die Behörde appelliert daher an alle Flutopfer und Helfer die Hand- und Atemhygiene weiterhin einzuhalten.