Bundesforschungsministerin Johanna Wanka (CDU) erwartet „bahnbrechende Impulse für die Gesundheit“. Im BIG sollen Krankheitsursachen auf molekularer Ebene erforscht werden, um daraus neue Diagnoseverfahren, Therapien und Präventionsmethoden zu entwickeln.

Die Form der Zusammenarbeit von bundes- und landesfinanzierten Einrichtungen gilt als neuartig. Das MDC wird hauptsächlich vom Bund und die Charité vom Land Berlin finanziert. Das BIG ist nach einer Übergangsphase ab 2015 als Körperschaft des öffentlichen Rechts geplant. MDC und Charité sind daran beteiligt, behalten aber ihre Eigenständigkeit. Auch die Grundfinanzierung von MDC und Charité bleibt erhalten. Für die Übergangsphase 2013 bis 2014 regelt ein Kooperationsvertrag die Zusammenarbeit.

Bund, Land und die Helmholtz-Gemeinschaft stellen für das BIG in den kommenden fünf Jahren rund 300 Millionen Euro zur Verfügung. 40 Millionen Euro kommen zudem von Johanna Quandt, der Stifterin der Charité-Stiftung.