Firmengründer Dr. Wilhelm Benend hatte in einem kleinen Labor den Wirkstoff Natrium-Pentosanpolysulfat (NaPPS) entwickelt. 1949 sicherte er sich die Markenrechte an Thrombocid, einer Salbe gegen Venenentzündungen. Im gleichen Jahr gründete er die Dr. Wilhelm Benend K.G. in Geretsried und begann kurz darauf mit dem Vertrieb in Deutschland.

Zwei Jahre später zog das Unternehmen an einen ersten eigenen Standort. Auch das Sortiment wurde erweitert: 1956 wurde der Schleimlöser Tacholiquin eingeführt, 1959 kam ben-u-ron erstmals in klassischer Tablettenform auf den Markt. Heute bietet Bene den Wirkstoff in verschiedensten Dosierstärken und Darreichungsformen an.

1995 übernahmen die Apotheker und Söhne des Firmengründers, Dr. Harald und Dr. Helmut Benend, das Geschäft. Vor einem Jahr haben sich die beiden aus der Geschäftsleitung zurückgezogen und sind in den Beirat des Unternehmens gewechselt. An der Spitze von Bene steht seitdem Dr. Günter Auerbach.

Der Kern des Unternehmens liegt auf Fertigarzneimitteln. Mit der Marke ben-u-ron erwirtschaftet Bene noch heute den meisten Umsatz. In München setzt man aber auch auf Nischenmärkte bei Medizinprodukten und Kosmetika. Außerdem ist Bene als Lohnhersteller tätig.

Gemeinsam mit der Deutschen Gesellschaft für Schmerztherapie (DGS) hat Bene 2012 das Pilotprojekt Schmerz-Apotheken in Bayern gestartet. Apotheker und PTA können sich in Fortbildungen für die Beratung von Schmerzpatienten fit machen. Bei Erfolg erhält die Apotheke ein Prüfsiegel.

Inzwischen können sich Apotheken bundesweit als „Kompetenzapotheke Schmerz“ zertifizieren lassen. Gehe und Pfizer unterstützen das Projekt. Die Projektpartner übernehmen einen Großteil der Fortbildungskosten. Apotheken, die das Zertifikat erhalten haben, werden auf der Internetseite der DGS und der Deutschen Schmerzliga gelistet.