Seinen Ursprung hat Gaba wie viele Hersteller in einer Apotheke. Die „Goldene Apotheke Basel“ wurde 1638 gegründet und ist mit ihren Anfangsbuchstaben Namensgeber der später entstanden Firma.

Ende des 19. Jahrhunderts begann der Inhaber Dr. Hermann Geiger in der Erkältungszeit, Wybert-Tabletten nach einem Rezept eines befreundeten Arztes herzustellen. Unter dem gleichen Namen werden die Pastillen gegen Halsschmerzen noch heute von Wepa vertrieben.

Als Unternehmen wurde Gaba wurde 1917 von Geiger ausgegründet. Die Apotheke in Basel behielt er. Mit der neuen Firma wollte er nach einer ersten Fabrikanlage im elsässischen St. Ludwig richtig in die industrielle Produktion einsteigen. Kurz darauf entstand die Niederlassung im baden-württembergischen Lörrach.

In den folgenden Jahren spezialisierte sich das Unternehmen immer stärker auf den Bereich Mund- und Zahnpflege. 1944 wurde Aronal in der Schweiz eingeführt. In den 1960er und 1970er Jahren kamen Elmex sowie Elmex Gelée auf den Markt. 1986 wurden die ersten Produkte der Dachmarke Meridol vorgestellt.

1999 wurde mit dem Verkauf der Marke Wybert endgültig der Fokus auf die Zahngesundheit gelegt. Nach dem Millennium investierte Gaba noch in zwei ausländische Dentalfirmen aus Frankreich und Italien.

2004 wurde der Schweizer Hersteller, bis dahin in Privatbesitz, dann selbst übernommen. Der US-Konzern Colgate-Palmolive zahlte 841 Millionen US-Dollar (umgerechnet etwa 621 Millionen Euro) und ist seither der Eigentümer. Im kommenden Jahr soll die Produktion von Lörrach nach Polen zum Mutterkonzern verlagert werden.