Apotheken können papiergebundene Kassenrezepte innerhalb eines Monats in die Abrechnung geben. Die Rechnungslegung der Apotheke erfolgt „monatlich bis spätestens einen Monat nach Ablauf des Kalendermonats, in dem die Lieferung erfolgte“. Die Rezepte werden in der Apotheke abgeholt, im Rechenzentrum digitalisiert und als Sammelrechnung an die Kostenträger weitergegeben. Beim E-Rezept entfällt die Abholung, denn die Verordnungen können von der Apotheke selbst an das Rechenzentrum gesendet werden. Doch abgerechnet wird am Schluss – auch in Zukunft. Denn auch E-Rezepte werden gesammelt.

Der Grund: Stand jetzt gibt es noch keine Arzneiversorgungsverträge, die eine getrennte Lieferung von papiergebundenen Rezepten und digitalen Verordnungen vorsehen. Deswegen müssen auch E-Rezepte gesammelt und nach den vertraglichen Regelungen abgerechnet werden.

Außerdem besteht beim E-Rezept die Möglichkeit der Direktabrechnung. In dem Fall übermittelt die Apotheke die digitalen Verordnungen direkt an die Kasse.

Haben Apotheken die Abrechnungsfrist beim Papierrezept überschritten, können die Kassen den Erstattungsbetrag kürzen. Der zwischen den Ersatzkassen und dem Deutschen Apothekerverband (DAV) geschlossene Arzneiversorgungsvertrag schließt eine Kürzung auf Null aus. Werden einzelne Rezepte mehr als einen Monat nach Ablauf der Frist abgerechnet, ist den Kassen eine Gesamtbruttokürzung um 5 Euro je Verordnungszeile gestattet – bei nicht verschreibungspflichtigen Arzneimitteln und anderen Mitteln sind es 10 Prozent des Apothekenabgabepreises. Allerdings dürfen die Ersatzkassen pro Abrechnungsmonat maximal um 50 Euro kürzen. Es sei denn, die Apotheke oder die Abrechnungsstelle haben die Fristüberschreitung nicht zu vertreten.

Bei den Primärkassen regeln die einzelnen regionalen Lieferverträge die Fristüberschreitung. In Baden-Württemberg und Sachsen-Anhalt sind Primärkassen „für Rezepte, deren ausgewiesenes Abgabedatum länger als drei Monate zurückliegt“, zur Retaxation berechtigt. Der Rechnungsbetrag darf auf den Apothekeneinkaufspreis plus Mehrwertsteuer gekürzt werden. Hat die Apotheke seit mehr als sechs Monaten versäumt, das Rezept abzurechnen, darf teilweise oder unter Umständen sogar ganz gekürzt werden, wenn nachgewiesen werden kann, dass durch den Verzug ein finanzieller Schaden in entsprechender Höhe entstanden ist.

In Niedersachsen muss das Rezept bis spätestens drei Monate nach Ablauf des Kalendermonats, in dem die Abgabe erfolgte, in die Abrechnung, sonst entfällt der Anspruch auf Bezahlung.

In Bayern verwirkt die Apotheke den Anspruch auf Bezahlung, wenn das Rezept nicht bis spätestens zwölf Monate nach Ablauf des Kalendermonats, in dem das Arzneimittel abgegeben wurde, der Primärkasse in Rechnung gestellt wird.