In den Fonds fließen pro abgegebener Rx-Packung 16 Cent, auf die ganz normal 19 Prozent Umsatzsteuer anfallen. Der Betrag von jährlich rund 120 Millionen Euro wird also bereits von den Krankenkassen versteuert. Unklar war noch, ob die Apotheken die aus dem Fonds ausgezahlte Notdienstpauschale selbst ebenfalls versteuern müssen.

Der Gesetzgeber hat zwar eine Doppelbesteuerung nicht vorgesehen. Doch eine klare Formulierung im Apothekennotdienstsicherstellungsgesetz (ANSG) hierzu gibt es nicht. Lediglich in der Begründung steht, dass es es sich bei der Notdienstpauschale um einen sogenannten echten Zuschuss handelt, der von der Umsatzsteuer befreit ist.

Im Stellungnahmeverfahren hatte sich das Bundesfinanzministerium (BMF) im Gesundheitsausschuss ähnlich erklärt – vorbehaltlich der Abstimmung mit den Ländern. Denn letztlich ist es Sache der Oberfinanzdirektionen, wie sie die Pauschale einstufen.

Die bayerischen Finanzbehörden haben sich erklärt: Die Notdienstpauschale unterliege als echter Zuschuss nicht der Umsatzsteuer. Nur die Erhöhung des Festzuschlags unterliege als Entgelt der Umsatzsteuer, so die klare Ansage des Landesamts.

Aufgrund der Veröffentlichung geht die Treuhand Hannover davon aus, dass die Abstimmung auf Ebene der obersten Finanzbehörden der Länder erfolgt ist: „Es ist davon auszugehen, dass die Finanzbehörden der übrigen Bundesländer in Kürze gleichlautende Verfügungen erlassen werden. Die Grundsätze der Verfügung sind auch auf alle Zahlungen, die bereits aufgrund des ANSG geleistet wurden, anzuwenden“, so die Steuerberatungsgesellschaft.

Die Treuhand hatt schon frühzeitig auf die drohende Doppelbesteuerung hingeweisen. Zuletzt hatte auch die Steuerberater Steuerberaterverbund ETL Advision beim Bundesfinanzministerium (BMF) eine verbindliche Auskunft erbeten.