In Bezug auf mögliche Nebenwirkungen zeigte der Impfstoff von Biontech ein gutes Sicherheitsprofil. Zwar traten normale Impfreaktionen auch nach der Immunisierung mit dem mRNA-Impfstoff auf, Symptome wie Kopfschmerzen, Fieber und lokale Reaktionen an der Injektionsstelle hielten sich aber in Grenzen. Ende April wurden dann Fälle von Herzmuskelentzündungen im zeitlichen Zusammenhang mit der Comirnaty-Impfung bekannt.

Eine Studie aus Israel habe dutzende Fälle dieser schwerwiegenden Nebenwirkung nach der Verabreichung des Impfstoffs aufgezeigt. Die Fälle wurden vom israelischen Gesundheitsministerium untersucht. Nachman Ash, israelischer Koordinator für Pandemiebekämpfung, erklärte bereits Ende April, dass es vor allem nach der zweiten Dosis zu den besagten Nebenwirkungen gekommen sei. Ob sie jedoch in Zusammenhang mit dem Vakzin stehen, musste noch untersucht werden. Ein Nachweis sei schwierig, weil Myokarditis oft ohne Komplikationen ablaufe und durch eine Vielzahl von Viren verursacht werden könne. Doch nun liegen neue Erkenntnisse vor.

Die Untersuchungen aus Israel legen nahe, dass es durch die Impfung mit Comirnaty zur Myokarditis kommt. Nach Angaben des israelischen Gesundheitsministeriums traten unter den mehr als fünf Millionen Geimpften zwischen Dezember 2020 und Mai 2021 275 Fälle von Myokarditis auf. Mittlerweile liegen auch gemeldete Fälle aus Deutschland vor. Betroffen seien vor allem junge Männer. Im Zuge der Indikationserweiterung von Comirnaty für 12- bis 16-Jährige stellt sich nun die Frage nach Impfeinschränkungen. Hierfür müssten weitere Untersuchungen angeschlossen werden.